مع أن فوائد الفلفل الحلو مفيدة جدًا ومغذية، إلا أن بعض الأشخاص قد يكون لديهم حساسية من الفلفل الحلو، مع أن هذه الحالة الصحية حالة نادرة، ومن أعراض حساسية الفلفل الحلو، ظهور الأمور التالية على جسم المصاب بعد تناول الفلفل الحلو مباشرة: الطفح الجلدي، والحكة، وتحشر البلغم في الأنف، وتشنجات، ونفخة وغازات، وإسهال، وتقيؤ.
وقد يكون الأشخاص المصابون بحساسية حبوب اللقاح أكثر عرضة من غيرهم للإصابة بالحساسية من الفلفل الحلو.