من أهمية الفلتر داخل أحواض الأسماك، هو أنه يحافظ على حياة الأسماك والبيئة التي تحيها بداخلها، عندما لا تستخدم الفلتر لتنقية المياه داخل حوض السمك، فهذا يعني أننا نطبق طريقة التنظيف التقليدية، وهي إخراج الاسماك جانباً حتى تنتهي عملية التنظيف، ثم نعيدها إلى الحوض مرة أخرى، وهذا قد يُشكل صدمة للأسماك عند خروجها من بيئتها وإعادتها مرة ثانية.