الخطايا المستترة هي خطايا مستترة عن الإنسان نفسه، أي لا يعرف أنها خطية، فيحتاج من الله إلى إرشاد وتوضيح، وهذا ما يحدث عند كثرة القراءة في الكتاب المقدس والكتب الروحية يكتشف الإنسان كل يوم بعضًا من هذه الخطايا المستترة.
الخطايا المستترة قد تكون مستترة عن الناس، ولكنها معروفة للإنسان نفسه، مثل خطايا الفكر والقلب، فيطلب داود من الله أن يسامحه عنها، فهو يقدم توبة بينه وبين الله، حتى لو لم ير الناس خطاياه.