اختياره بطريركًا: بعد نياحة البابا شنودة الأول استقر رأى جميع الشعب والأساقفة على اختيار الأب ميخائيل خلفًا له. وكانت سيامته في شهر برمودة من نفس السنة التي تنيح فيها سلفه (597ش، 880 م). في عهد خلافة المعتمد بن المتوكل، ولم يتعرض احمد بن طولون لسيامته لانشغاله مع ابنه في الحرب. فقد كانت عادة الولاة التعرض للشعب في تنصيب بطاركة رغبة في سلب أموالهم. خلاف مع أسقف سخا: إذ رأى البابا الجو صافيًا أمامه نهض إلى تعمير الكنائس التي تهدمت أثناء الاضطهاد، وتشييد بعضها التي أُزيلت معالمها. كان هذا الأب ذا خصال حميدة غير أن أحزانًا شديدةً قد نالته، منها أن البابا قِسْما كان قد بنى كنيسة على اسم الشهيد أبطلماوس ببلدة دنوشر التابعة لأسقف سخا. وحدث أن أهالي دنوشر أرادوا أن يدعوا الأب البطريرك وبعض الأساقفة المجاورين لتكريس الكنيسة فلم يطب لدى الأسقف هذا الأمر. ولما عملوا على غير رغبته وجاء الأب البطريرك ومعه الأساقفة لم يقبل هذا الأسقف البقاء. فخرج من الكنيسة مدعيًا أنه ذاهب ليهتم بأمر طعامهم. فلما طال غيابه كثيرًا وحان وقت القداس صلى الأب البطريرك صلاة الشكر ورفع القربان بعد إلحاح من الأساقفة وبما له من حقوق الرئاسة. غضب الأسقف ودفعه شره إلى دعوى أن البطريرك تعدى القوانين ورفع قربانًا في إيبارشية بدون إذن صاحبها، وعاد إلى الكنيسة مسرعًا وتعدى على المذبح المقدس الطاهر، أما البابا البطريرك فأكمل صلاة القداس بكل هدوءٍ وكمالٍ. أحمد بن طولون يلقيه في السجن: في اليوم التالي عقد البطريرك مجمعًا من الأساقفة الذين معه والكهنة والعلماء وقطع ذلك الأسقف وأقام غيره. فازداد غضبًا وأضمر سوءً، فمضى إلى والي مصر أحمد بن طولون وقال له: "إن البطريرك كثير الثروة واسع الغنى"، وكان الوالي يستعد للذهاب إلى الحرب ومحتاجًا إلى النفقات. استدعى الوالي الأب البطريرك وطلب منه أموال الكنائس وأوانيها، فأبى أن يعطيها له، فطرحه في السجن مع شماس اسمه ابن المنذر مدة سنة كاملة وهو لا يقتات بغير الخبز والبقول المسلوقة والملح. الإفراج مقابل غرامة مالية: اتفق يوحنا وموسى من كتَّاب الوالي مع كاتبيّ وزيره يوحنا ومقار ابنه على إنقاذ البطريرك، واستغاثوا بالوزير، فلبّى دعوتهم وشفع لدى الوالي على شرط دفع مبلغ 20 ألف دينارًا لابن طولون. فكتب البطريرك تعهدًا على نفسه بدفع المبلغ على قسطين، الأول بعد شهر والثاني بعد أربعة أشهر وبهذا أمكنه الخروج من السجن. فلما جاء ميعاد القسط الأول دفع أولئك الكُتَّاب ألفيّ دينار وتبرع الوزير بألف ودفع البابا سبعة آلاف جمعها من الأساقفة والمؤمنين. واقترض البابا من التجار المسلمين، وكان لا بد له من جمع المبلغ ليفي التجار ولكي يسدد القسط الثاني. وكان لا يخاف الموت إنما يخشى على حياة يوحنا الكاتب وابنه اللذين ضمناه على تسديد المبلغ. اضطر أن يطلب من الشعب أبناء الكنيسة، كما وضع على كل راهب دينارًا، فلم يفِ بالمطلوب. اضطر أن يبيع بيوتًا موقوفة للكنائس وأراضٍ خارج الفسطاط كان يسكنها جماعة من الأثيوبيين، وقرر على كل أسقف أن يدفع مبلغًا من المال ؛ كل ذلك تُعتبر مبالغ زهيدة خاصة وكادت الشهور الأربعة أن تعبر سريعًا. اضطر إلى سيامة عشرة أساقفة على عشرة إيبارشيات كانت خالية مقابل مبلغ دفعه كل واحد منهم. وقد تألم البابا كثيرا لهذا الموقف لكن لم يكن هذا إلا لرفع الاضطهاد عن الكنيسة. ولم يذكر أحد من المؤرخين أنه سام أسقفًا غير كفءٍ بسبب المال. قالت مدام بوتشر في كتابها عن الأمة القبطية: "ولا يغرب عن ذهن اللبيب أن أساقفة الأقباط قديما دفعوا تلك المبالغ فدية لكنيستهم، ولكن أساقفة الكنيسة الإنجليزية الذين يتمتعون بالسلام والأمن في ظل حكومة ملك مسيحي لا يزالون يدفعون إلى يومنا هذا مبلغًا لا يقل عن 300 جنيهًا يؤدونها ضريبة للحكومة ولرئيس الأساقفة يوم رسامتهم" ( ج 274:2). انتهز اليهود هذه الفرصة وأخذوا يساومون البابا على كنيسة للأقباط كانت قد خربت وتهدمت، واضطر أن يبيعها. ويقول القس منسي يوحنا أنها كانت في الأصل كنيس يهودي تحولت إلى كنيسة، وعند الانشقاق استولى عليها الروم وبقيت في حوزتهم حتى القرن التاسع، فاستولى عليها الأقباط. وإذ حل الضيق بهم استأجرها اليهود لمدة مائة عام وقيل أنهم اشتروها، وهي الآن في أيديهم، ويعتبرونها من أقدس الأماكن إذ يزعمون أن فيها قبر إرميا النبي. أراد أن يتدبر القسط الثاني فقصد بلبيس، وبينما هو يفكر في الأمر إذا براهب رثْ اللباس مرَّ بتلاميذه وقال لهم: "امضوا وقولوا لمعلمكم أن الرب سيمزق عنه صك الغرامة بعد أربعين يومًا". فلما علم البابا بذلك طلب الراهب فلم يجده. وقد تم ذلك فعلًا، إذ أنه لم تمضِ تلك المدة حتى توفى ابن طولون وتولى مكانه ابنه خمارويه سنة 875 م، الذي استدعى البابا وطيب خاطره ثم مزق الصك الثاني. قضى هذا الأب على الكرسي المرقسي حوالي خمسًا وعشرين سنة ثم تنيح بسلام سنة 907 م. العيد يوم 20 برمهات.
