على الرغم من هذه الفوائد للحلبة إلا أنه يجب استخدامها في أوقات معينة وخاصة فقط وعند الضرورة، وهذا ما يدعمه أغلب الأطباء، فهم لا يحبذون استخدامها خلال فترة الحمل بسبب بعض الآثار الجانبية المحتملة والتي قد تشمل:
الإجهاض
إذ كما ذكرنا سابقًا فإن تناول الحلبة قد يساهم في زيادة انقباضات الرحم مما قد يؤدي إلى الولادة المبكرة وارتفاع خطر الإجهاض، وعادة ما ينصح بتجنب تناول الحلبة بشكل خاص ما قبل الاسبوع 37 من الحمل.
عسر الهضم
وجد بأن تناول الحلبة خلال الحمل قد يؤدي إلى الإصابة باضطرابات معوية، مثل: الغثيان، والقيء، وعسر الهضم، وانتفاخ، وإسهال.
ردود فعل تحسسية
تبين إصابة بعض الحوامل بالحساسية عند تناولها للحلبة، وشملت الأعراض احتقان الأنف، والسعال، والتورم.