دخل الإنجليز في عام ١٨٨٢ وبعد انحياز الخديو توفيق للإنجليز، انعقد اجتماع وطني تصدره الإمام محمد عبده وحضره البابا كيرلس الخامس الذي تحدث رافضا احتلال الإنجليز واتفاق الخديو معهم وفي هذا الاجتماع دعا النديم الي إنشاء الجمعية الخيرية الإسلامية، ودعا البابا كيرلس إلي إنشاء «الجمعية الخيرية القبطية»، وكان هدفهما نشر الخير وإنشاء المدارس ونبذ الفرقة .وفي نهاية القرن التاسع عشر جاء للبابا كيرلس الخامس ثلاث أساقفة انجليز وعرضوا عليه الانضمام الي الكنيسة الانجليزية ويكون هو رئيس الكنيسة في مصر وتحت حماية التاج البريطاني ولكنه رفض رفضا شديدا ولم يهاب المعتمد البريطاني او يخضع لتهديداته وكلما تجددت المساعي لفرض الوصاية علي الكنيسة القبطية بحجة حمايتها كان البابا الوطني يرفض وكان مناصرا للحركة العرابية ولثورة ١٩١٩ وفتح ابواب الكنائس لتكون منابر ضد الإنجليز والظلم ومن الكنيسة خرج الاقباط الي رحاب الوطن الواسع
قدس الله روح أبينا البابا كيرلس الخامس الذي لم يضع يده في يد المحتل ولم يلوث ثوب وطنيته بأي صفقة ...وهكذا دوما الكنيسة القبطية