الحيوانات المفترسة الرئيسية لحمار الزيبرا هي الأسود والضباع المرقطة وتمثل تماسيح النيل أيضًا تهديدات كبيرة أثناء عبور النهر وتتغذى الكلاب البرية والفهود على الحمار الوحشي أيضًا، على الرغم من أن التهديدات التي تشكلها طفيفة بشكل عام وللحماية من الحيوانات المفترسة البرية، يتراجع حمار الزيبرا إلى مناطق مفتوحة مع رؤية جيدة في الليل.