بعد فترة قصيرة استطاع دقلديانوس Diocletian هزيمة كارينُس وقتله في إلِّيريكوم Illyricum وبدأ اضطهاد المسيحيين بعنفٍ، مع أنه لم تكن قد صدرت بعد أوامر من الإمبراطور الجديد تطلب ذلك. وإذ كان دقلديانوس معجبًا بشخصيته وشجاعة سيباستيان أراد أن يبقيه إلى جواره، ولجهله بحقيقة إيمانه عيَّنه قائدًا لعدد من حرسه الشخصي وكان ذلك تكريمًا شديدًا. وحين ذهب دقلديانوس إلى الشرق وبقى ماكسيميان Maximian إمبراطورًا على الغرب، استمر ماكسيميان يعامل سيباستيان بنفس التقدير والاحترام.