أولًا: الاحتلال الفارسي (623-628) حيث احتل الفرس مصر بسبب ما بلغته من فوضى وما عانته من استبداد بيزنطي وحرمان المصريين من ممارستهم حقوقهم الوطنية والإنسانية وأيضًا الدينية، فإن كان البطاركة في أثناء الاحتلال قد استراحوا من إقامة بطاركة دخلاء من قبل بيزنطة يضطهدون الكنيسة المصرية، غير أن الفرس خربوا البلاد ونهبوها وحطموا الكنائس والأديرة. ثانيًا: عودة الحكم البيزنطي من جديد (628-640 م تقريبًا)، كانت فترة مريرة حيث كان كل همّ الإمبراطور هرقل مقاومة الكنيسة وتحطيمها، واضطر البابا بنيامين إلى الهروب ليظل مختفيًا 10 سنوات تحت هذا الحكم وثلاث سنوات في الحقبة التالية. ثالثًا: دخول العرب مصر حوالي عام 640 م حيث سلمها المقوقس، وهو غالبًا اسم مستعار للوالي البيزنطي. وقد وجد البابا معاملة طيبة من عمرو بن العاص، وعاد إلى كرسيه بعد ثلاث سنوات يمارس عمله الرعوي.