قام الفرنسيون بنصب مدافع في القلعة وإطلاق النار على مناطق تحوي قوات المتمردين.
أثناء الليل تقدم الجنود الفرنسيون حول القاهرة ودمروا أي حواجز وتحصينات واجهوها.
سرعان ما بدأ المتمردون في التراجع بقوة القوات الفرنسية وفقدوا تدريجياً سيطرتهم على مناطقهم في المدينة.
قام بونابرت شخصياً بمطاردة المتمردين من شارع إلى آخر وأجبرهم على اللجوء إلى جامع الأزهر. وأمر على الفور مدفعه بإطلاق النار على المسجد.
حطم الفرنسيون البوابات واقتحموا المبنى وقتلوا السكان. في نهاية التمرد قُتل أو جُرح ما بين 5000 إلى 6000 قاهري.
وبالعودة إلى السيطرة المطلقة على القاهرة، سعى بونابرت إلى البحث عن مؤلفي الثورة ومحرضيها، أدين العديد من المشايخ إلى جانب عدد من أصحاب النفوذ بالمشاركة في المؤامرة وتم إعدامهم، ولإكمال عقوبته تم فرض ضريبة باهظة على المدينة وتم استبدال ديوانها بلجنة عسكرية.
في 21 أكتوبر قام أهل القاهرة بأعمال شغب ضد الفرنسيين الذين اعتبروهم غرباء محتلين وليسوا محررين