إهتم أيضاً بالكنيسة فى أثيوبيا وصدقونى إن العلاقات مع الكنيسة فى أثيوبيا كانت تتركز كثيراً على المحبة ألكبيرة القائمة بين قداسته وجلالة الإمبراطور هيلاسيلاسى وكانت هذه المحبة هى السور الكبير الذى يحفظ العلاقة بين الكنيستين , ومن أول سيامته وهو يهتم بها , ففى يوليو عام 1962 م رسم جاثليق أثيوبيا أبونا باسيليوس (ولقب أبونا بأنب عندنا يطلق على رؤسائهم) , وزار بنفسه أثيوبيا وكان الإمبراطور قد زاره أثناء سيامة الجاثليق وقلده وشاح سليمان الأكبر , وقلد كثيراً من الآباء قلائد وأوسمة , وبمجرد وصول قداسته أثيوبيا عام 1965 م وكان مريضاً طلب البدء بإقامة القداس بكاتدرائية الثالوث الأقدس , وسنة 1962 م زار كثير من مقاطعات , وزار دير القديس تكلا هيمانوت رئيس الرهبنة الحبشية وغيره من ألماكن , وإشترك فى الإحتفال الثلاثينى بتنصيب الإمبراطور , وسنة 1965 م رأس مجلس الكنائس الأرثوذكسية الشرقية هناك , وإستقبل بحفاوة كبيرة وتنازل له الإمبراطور عن قصره ليقيم به أثناء الزيارة وكانا أسداه طليقين , وعندى فى قلايتى الخاصة صورة لقداسة البابا وهو يداعب أحد هذه الأسود , وكان جلالة الإمبراطور يقول لقداسته أننى أننى مستعد أن ابنى لك هنا قصراً لتزورنى كل عام , وعندما كان يقدم الهدايا للآباء المجتمعين بالمجلس كان ينسبها إلى قداسته لا إلى شخصه بإعتباره صاحب المكان , وكان يستقبله إستقبال الملوك وتطلق له المدافع 21 طلقة , وألأثيوبيين يحبون خليفة مار مرقس ويسمون كنيستهم الكنيسة القبطية , وكانت لفتة جميلة أن يزور أثيوبيا مرتين , وكان جلالة الإمبراطور بمجرد وصوله إلى القاهرة يزروه ويأخذ بركته .