أحد أهم النواحي التي تتعلق بصحة اإلنسان، والتي يتم تجاهلها هي البكتريا المفيدة، والتي توجد في كافة أجزاء الجسم. يعمل التفاح على تحسين وظائف البكتريا المفيدة داخل األمعاء الغليظة. لدراسة نشرت في“مجلة الزراعة وكيمياء الطعام“ سنة2007 فإن التفاح يغير من عملية وفقًا التمثيل الغذائي داخل الجهاز الهضمي، ويعمل على توازن نسبة البكتريا المفيدة، مما يقود إلى زيادة امتصاص الجسم للمواد المغذية، والتخلصمن السموم والبكتريا الضارة.