عاني البابا من سوء معاملة الأتراك له إذ كان الوحيد من دون بطاركة الطوائف الأخرى الموضوع تحت مراقبة الأتراك، فكان ممنوعًا من الخروج، كما كان محرمًا عليه الاتصال بالجاليات الأجنبية، وغير مسموح له بالسفر إلى أية جهة، وكانت حياته مهددة في كل لحظة. كان الأقباط هم الطائفة الوحيدة من غير المسلمين التي تُعامَل باضطهاد شديد من المسلمين يعاملون للقبط بإهانة أكثر من يهود مصر. فكانوا يسيئون إليهم ويغلقون لهم الكنائس ويقفلون عليهم أبواب بيوتهم لأتفه الأسباب ويظلمونهم ظلمًا فاضحًا حتى يرغمونهم بدفع غرامات مالية باهظة. وفي سنة 1672م قاسى الأقباط اضطهادًا فظيعًا لأن بعض الجند الأتراك قاموا بذبح امرأة خليعة وألقوا بجثتها قريبًا من بركة الأزبكية، فقام العساكر ظلمًا وعدوانًا بغلق بيوت النصارى المتاخمة لهذه المنطقة وأجبروهم على دفع غرامة قدرها ألف دينار دية لهذا الدم المسفوك إذا أرادوا أن يفتحوا بيوتهم ويذهبوا إلى إعمالهم.