عندما حضر مارمرقس الرسول إلي الإسكندرية ؛ كانت الاسكندرية مركزا هاما للثقافة الوثنية ؛ فمن مدرستها الشهيرة تخرج العديد من الفلاسفة والعلماء ؛كما خرجت منها الترجمة السبعينية للكتاب المقدس Septuagint ؛ فكان لزاما علي القديس مرقس الرسول مواجهة هذه المدرسة فأسس مدرسة لا هوتية كان التعليم فيها يقوم علي طريقة السؤال والجواب Catechism وكان يدرس فيها إلي جانب اللاهوت الفلسفة والمنطق والطب والهندسة والموسيقي ؛وأول مدير لهذه المدرسة هو العلامة يسطس "وهو البطريرك السادس "ثم أومانيوس "البطريرك السابع " ثم مركيانوس " البطريرك الثامن " وياروكلاس "البطريرك الثالث عشر " وديونيسيوس "البطريرك الرابع عشر " .
ومن أشهر علماء هذه المدرسة العلامة أثيناغورس ؛ والقديس بنتينوس ؛ والقديس كليمندس السكندري ؛ والعلامة أوريجانوس ؛والقديس ديديموس الضرير .