على الرغم من تكيف السلحفاة تحت الماء ، إلا أنها يمكن أن تغرق إذا أصبحت عالقة تحت الماء ، ما لم تكن درجة الحرارة باردة بما يكفي للسماح للسلاحف بدخول السبات ، فسوف تحتاج السلحفاة للتنفس للحصول على الأكسجين ، وقد تتنفس الماء في رئتيه.
يمكن للسلاحف أيضًا الاختناق تحت الماء إذا استخدمت كل الأكسجين المتاح في أنظمتها ، تحت المواقف العصيبة ، قد تكافح السلاحف باستخدام الأكسجين المتاح بسرعة ، يتراكم حمض اللبنيك مع بدء التنفس اللاهوائي ، ويمكن أن يصبح سامة بسرعة ، في مثل هذه الحالات ، قد تموت السلاحف التي لا تستطيع الوصول إلى السطح للتنفس خلال دقائق.
ايضا يمكن أن تمرض السلحفاة من التعرض المفرط للمياه ، من دون بقعة تشمس مناسبة ، لا يمكن للسلاحف أن تجف نفسها بشكل مناسب ، نتيجة لذلك ، يمكن أن يحدث للسلاحف مشاكل في الصدفة.