النسر الأصلع يصبح ناضج جنسيا في سن أربع إلى خمس سنوات، وعادة، تتزاوج النسور الصلعاء مدى الحياة، ولكنها سوف تسعى إلى رفيق جديد إذا مات أحدهم أو إذا فشل زوج النسور في التكاثر، ويحدث موسم التزاوج في الخريف أو الربيع، وهذا يتوقف على الموقع، ويتضمن التودد رحلة متقنة، تتضمن عرضا يطير فيه الزوجان عاليا، ويغلق الريش،ويسقط ، ثم يعود قبل بدء الإصطدام بالأرض، وقد يحدث معركة أثناء التودد فضلا عن المغازلة.
أعشاش النسر الأصلع هي أعشاش الطيور الأكبر والأثقل في العالم، وقد يصل طول العش إلى 8 أقدام ويصل وزنه إلى طن، وتعمل النسور من الذكور والإناث معا لبناء العش، والتي هي مصنوعة من العصي ويقع العش عادة في شجرة كبيرة.
تضع إناث النسر الأصلع مجموعة من البيض من واحدة إلى ثلاث بيضات في غضون 5 إلى 10 أيام من التزاوج، وفترة حضانة البيض تستغرق 35 يوما، ويهتم كلا الوالدين بالبيض والصغار ذات اللون الرمادي الناعم أول ريش حقيقي للنسر مع المنقار البني، والنسور الصغيرة يصبح لديها ريش الطيور البالغة وتتعلم الطيران لمسافات طويلة (مئات الأميال في اليوم)، وفي المتوسط يعيش النسر الأصلع حوالي 20 عاما في البرية، رغم أنه من المعروف أن الطيور الأسيرة تعيش 50 عاما.