ويذكر أيضًا أن البابا كيرلس السادس أول من رفض زيارة القدس، وأعلن ذلك فى أعقاب هزيمة ١٩٦٧ وبعد وقوع القدس فى يد الاحتلال الصهيونى، بعدما لاحظ عمليات تهويد واسعة بالمدينة، وظل الأمر كذلك حتى جاء عام ١٩٨٠ حين قرر المجمع المقدس للكنيسة القبطية، وهو أعلى سلطة فى الكنيسة، منع الأقباط من زيارة القدس، فى أعقاب الشقاق بين البابا شنودة والرئيس الراحل أنور السادات.
وفى 20 يونيو 2013 اجتمع المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية برئاسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية، وتم الاعتراف بالبابا كيرلس السادس قديسًا من قديسى الكنيسة.