أيام البابا مرقس الثامن جاءت الحملة الفرنسية على مصر، وحدثت مواقف مؤسفة ومظالم للكنيسة وللأقباط، ومن أمثلة هذه النكبات التي حاقت بهم حرق الكنيستين العليا والسفلى بحارة الروم.
كما أنه في أيام البابا مرقس الثامن، تم نقل المقر البطريركي من حارة الروم إلى حارة الأزبكية، حيث نجح المعلم إبراهيم الجوهري في أخذ فرمان ببناء كنيسة بالدرب الواسع وبناء مقر بطريركي، وقام أخوه المعلم جرجس بإتمام هذا المشروع وتم نقل مقر البابا إلى هذه الكنيسة التي أطلق عليها اسم كاتدرائية الكاروز مارمرقس، فعرفت باسم الكنيسة المرقسية.