قال الأنبا رافائيل، سكرتير المجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية، وأسقف كنائس وسط القاهرة، إن مجلس الكنائس المصري ليس معناه الوحدة الكاملة بين المسيحيين في مصر. وأضاف، عبر حسابه الشخصي على موقع التواصل الاجتماعي "فيس بوك"، "نفرح بتأسيس مجلس كنائس مصر على غرار مجلس الكنائس العالمي ومجلس كنائس الشرق الأوسط وهذا معناه مزيد من التعاون، ولكن ليس معناه الوحدة الكاملة". وكان سبق أن أكد المطران نقولا، المتحدث الرسمي لكنيسة الروم الأرثوذكس، أن مجلس الكنائس المصري بتشكيلته يحترم قوانين وتقليد وخصوصية كل كنيسة مشاركة، ما يعني أن كل كنيسة ممثلة فيه هي على موقفها من مشروع قانون الأحوال الشخصية الموحد لعام 2009 بالقبول والتوقيع عليه أو بالرفض بعدم التوقيع عليه، حيث إن بعض الكنائس لم تكن حاضرة اللقاءات في مناقشاته ولم توقع على المشروع لتمسكها بلائحتها الخاصة بأحوالها الشخصية المعمول بها والمطبقة في المحاكم بالدولة ولا مشاكل عليها. في الوقت الذي حدد فيه مجلس كنائس الشرق الأوسط الفترة من 9 إلى 15 فبراير القادم، أسبوع الصلاة من أجل وحدة المسيحيين في مصر، وأنه سيتم افتتاح أسبوع الصلاة في الكنيسة الإنجيلية بالفجالة. يذكر أن مجلس كنائس مصر يهدف لتفعيل التعاون بين الكنائس المصرية بشكل أكبر بسبب تقاربها وتفاعل أبناءها بعضهم مع البعض بشكل يومي، وأيضا تشاركها مع الأحداث في المنطقة التي وإن مست كنيسة بشكل مباشر إلا أنها تنعكس على كل الكنائس، وكذلك حل بشكل سريع أي مشاكل قد تطرء بين الكنائس، والتعاون بين الكنائس في مصر فيما بينها في الأنشطة الكنسية، للكهنة والشباب والمرأة والأطفال والأنشطة الاجتماعية، وتفعيل الحوارات المسيحية الإسلامية، وهو يضم: الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، وكنيسة الروم الأرثوذكس (بطريركية الإسكندرية)، والكنسية الكاثوليكية بجميع طوائفها في مصر، والكنيسة الإنجيلية بجميع طوائفها في مصر، والكنيسة الأسقفية.