مجمع خلقيدونية
على الرغم من أن مجمع أفسس المسكونى المقدس قد حرم نسطور، ألا أن جذور النسطورية قد امتدت إلى مجمع خلقيدونية الذي ظهر فيه انفصال الطبيعتين حيث فيه أن المسيح اثنان إله وإنسان: الواحد يبهر بالعجائب والآخر ملقى للشتائم و الإهانات.
هكذا قال (ليو) Leo أسقف رومه في كتابه المشهور بطومس لاون الذي رفضته الكنيسة القبطية. ولكن أخذ به مجمع ما يختص بها، وطبيعة ناسوتية تعمل ما يختص بها.
قال نسطور أن هاتين الطبيعتين منفصلتان. وقال مجمع قرطاجنة أنهما متحدتان ولكنه فصلهما بهذا الشرح. وكما قرر أن المسيح له طبيعتان، قرر أن له مشيئتين وفعلين.
ومن هنا نشأت مشكلة الطبيعتين والمشيئتين، وبدأ صراع لاهوتي، وانشقاق ضخم في الكنيسة، نحاول حاليا إنهاءه بالوصول إلى صيغة إيمان مشترك يقبله الجميع..