لما مات أخوه المعلم إبراهيم الجوهري قلده إبراهيم بك منصبه، فسار على نهجه واقتدى بشقيقة في كل شيء حتى نال ثقة جميع المصريين، وكان بين الكتبة تحت يده كاتب مسيحي من أصل سوري يدعى (يوسف كساب) سولت له نفسه الشديدة أن يسعى لدى مخدومه إسماعيل بك بوشاية ضد المعلم جرجس واتهمه بما هو ليس فيه، ولأن المعلم جرجس كان من أتباع على بك الكبير خصم إسماعيل هذا، صدق إسماعيل وشاية يوسف، وغضب على المعلم جرجس، وأنزله من درجة الوظيفة وعين بدله رئيسًا آخر للدواوين، ولكن بعد فترة ظهر له كذب يوسف كساب، فأمر بإغراقه في النيل وإعادة المعلم جرجس الجوهري إلى منصبه مرة أخرى.
علاقة جرجس الجوهري بنابليون:
St-Takla.org Image: Moalem Guirguis El Gohari, modern Coptic painting at his and his brother's Ebrahim's burial ground
صورة في موقع الأنبا تكلا: لوحة تصور المعلم جرجس الجوهرى، وهي أيقونة قبطية حديثة من مقبرة المعلم ابراهيم وجرجس الجوهري
لما غزت الحملة الفرنسية مصر وانتصر الفرنسيون على المماليك، ووصلوا إلى بولاق كلف المعلم جرجس رئيس المباشرين بأن يعد بيت الألفي لنزول نابليون فيه، فجهزه وفرشه وأقام فيه نابليون، ومن هنا عرفه نابليون، وأهداه جبه مزركشة بالنصب ليلبسها في أيام الشريفة، ولما سافر نابليون إلى السويس متبعا إبراهيم بك استصحب معه بعض الأعيان والمديرية وفى مقدمتهم المعلم جرجس الذي كان يعتمد عليه في المهام الكبيرة، كما رافق الفرنساويين هو وبعض أعيان القبط إلى الوجه البحري لإقرار الصلح بين المقاتلين ويذكر المؤرخ عبد الرحمن الجبرتي أنه (لما احتفل الفرنساويون بأحد أعيادهم دعوا أعيان المصريين كان المعلم جرجس بينهم لابسًا ملابس الافتخار، ولما حدثت الثورة ضد الحملة الفرنساوية طلب المعلم جرجس وبعض أعيان الأقباط من مقدمي المسلمين الأمان لأنهم انحصروا في دورهم وهم في وسطهم وخافوا نهب بيوتهم إذا خرجوا فارين، فأرسل إليهم الأمان، وقابلوا الباشا والكتخدا والأمراء، وأعانوهم بالمال واللوازم).
ولما تولى محمد على باشا الحكم سنه 1805 نال المعلم جرجس الجوهري في عهده المركز الأول، إلا أن الأمر انقلب ضده عندما طالبه محمد على بأموال كثيرة، وكان يستحمله في الوفاء بها، ولما لم يف بما طلبه منه قبض عليه ومعه بعض المباشرين الأقباط بحجة أنه تأخر عن دفع ما عليه الأموال، وحجزوا في بيت كتخدا، وعين بدله المعلم غالى الذي كان كاتبًا عند الألفي عدو محمد على باشا.
وظل جرجس مسجونًا سبعة أيام وأفرج عنه بشرط أن يدفع أربعة آلاف وثمانمائة كيس، فدفع جزءًا عظيمًا منه ووزع الباقي على الكتاب والصيارفة ما عدا المعلم غالى والمعلم فيلوتاؤس، وأخطر جرجس أن يبيع أفخر أملاكه بجهة الأزبكية وقنطرة الدكة وباع لمحمد على كل ما كان يملك، وقيل أنه نفي إلى الصعيد بأمر محمد على، وقبل هروبه إلى الصعيد جمع كل حجج أملاكه الباقية وسلمها للبطريركية لتنفق من ريعها، فوضعت البطريركية اليد عليها وظلت في حوزتها، وظل هو منفيًا في الصعيد أربع سنوات عفي عنه بعدها ليعود إلى القاهرة المحروسة في سنه 1224 هـ، وقابل الباشا فأكرمه وعاد إلى بيته بحارة الو نديك وكان المعلم غالى قد جهزه له وظل به إلى أن مات سنه 1225 هـ ودفن بمصر العتيقة أسفل كنيسة كان قد بناها هو وأخوه باسم مارجرجس وله صورة عليها وهو يلعب على الناي الذي كان يجيد الترتيل عليه.