تم تصنيف قنافذ البحر ضمن أنواع شوكيات الجلد، وتنضم تحديدًا إلى فئة Echinoidea، يُحيط بقنافذ البحر هيكل خارجي قوي، إلى جانب جلد رقيق للغاية، إذ يمتد خارج الجلد مجموعة من الأشواك والأقدام الأنبوبية المُستخدمة في الحركة.
كذلك تحمي تلك الأشواك قنافذ البحر ضد هجمات المُفترسين، مـع العلم أنّ الطحالب هي غذاء قنافذ البحر، أمّا البكتيريا المتراكمة على الصخور البحريَّة فهي وسيلتهم لصناعة منازلهم الخاصة.