وفى العصور الوسطى تسيدت الأديان الأرضية والتجارة بها الشرق المسلم والغرب الأوربى المسيحى ، فكان التعصب الدينى والمذهبى والحروب الدينية من ملامح هذه العصور الظلامية .وبهذا تسلل التعصب الى الحياة المصرية بين عوام المصريين ( المسلمين والأقباط ). صحيح إنه لم يكن بنفس الحدّة التى كان فيها التعصب خارج مصر ، وصحيح أنه كان جملة إعتراضية وحوادث إستثنائية فى تاريخ مصر طويل ، ولكنه كان موجودا وتم تسجيله فى أحداث التاريخ متأثرا بالتعصب كثقافة عامة سائدة وبالتعصّب الذى قاده الحكام ( وهم غير مصريين ) وبالتعصب الذى كان يؤجّجه فقهاء متعصبون زائرون لمصر فيرون مظاهر التسامح ونفوذ بعض أرباب الوظائف من الأقباط فيثورون ويستخدمون إسم الاسلام لحث الحاكم على إضطهاد الأقباط . بالاضافة الى تعصب قبطى مضاد مفهوم ولا يمكن تجاهله ، وكان يعبّر عن نفسه لدى القبطى إذا وصل الى سلطة تتيح له الانتقام من المسلمين فلا يتردد فى إستغلالها ، مما يثير موجة من تعصب ( المسلمين ) . وقد تكرر هذا كوارث فى العصر المملوكى .