على عكس حوض السمك الكبير، حيث يمكن استبدال جزء من ماء الحوض بماء نظيف، ولكن حوض السمك الصغير عادة يتم إستبدال الماء بأكمله، ولتجنب صدمة كبيرة لأسماكك، فمن المهم أن تتعامل مع المياه لإزالة المواد الضارة لتعادل درجة الحرارة ودرجة الحموضة.
بغض النظر عن مصدر المياه الخاص بك، ينبغي معالجتها لإزالة الكلور والكلورامين والمعادن الثقيلة وغيرها من المواد الضارة المحتملة، والحفاظ على درجة حرارة ثابتة للمياه مهم أيضا لتجنب الضغط على الأسماك مع التغير المفاجئ في درجة الحرارة، وأخيرا، تحتوي مياه الصنبور على غازات مذابة تتبدد بعد وقت قصير، وغالبا ما تغير درجة الحموضة في الماء داخل حوض السمك الصغير وهو عامل إجهاد آخر لأسماكك، ويمكن معالجة كل هذه المشاكل عن طريق معالجة المياه الخاصة بك في اليوم السابق قبل إضافتها إلى حوض السمك.