بالرغم من مدى الاستفادة من النسر في التنظيف البيئي، إلا أنه يلحق أضرارًا جسيمة بالحيوانات أو الحيوانات الأليفة كما يضر بالعقارات أو الممتلكات الشخصية، وعندما يكون في مجموعات فإنه يمكنه أن يتحول إلى طائر عدواني ، ويؤدي ذلك إلى عواقب ضارة، ولقد أصبح النسر الأسود يشكل تهديدا خطيرا لمكبات النفايات في المراكز الحضرية المكتظة بالسكان.