ترهب الأنبا مرقس في الدير المحرق باسم الراهب ميخائيل المحرقي، ثم صار مطراناً على إسنا والأقصر وأسوان، وقد كان قديساً قوى الشخصية وهذا الموقف يؤكد كلامي:
عندما تم إبعاد البابا كيرلس الخامس، بسبب تدخل المجلس الملي فى الشئون الدينية، توجه الأنبا مرقس إلى بطرس باشا غالي رئيس الوزراء، وطالبه بلهجة شديدة أن يعمل على إعادة البابا فوراً، فتعجب الباشا من كلامه ورد عليه بانفعال قائلاً: لست قرابني عندك حتى تكلمني بهذه اللهجة! فرد الأنبا مرقس: إن القرابني أحد أعمدة الكنيسة، فالعمل فى الكنيسة يقوم على خدمة الذبيحة، وإذا تلاشت خدمة القرابني فلا تقوم خدمة القداس لعدم وجود القربان! فليتك كنت قرابني حتى تكون لك هذه المكانة! فصمت الباشا! وتمر الأيام ويتقابل بطرس غالي مع يسى باشا أحد أعيان الأقصر فقال له: إني أهنيء الأقصر على مطرانها الشجاع الذي يجبر الإنسان على احترامه!