أول مشكلة واجهت البابا كيرلس السادس مع بداية سيامته بطريركا
ولعل أول مشكلة واجهت البابا كيرلس السادس مع بداية سيامته بطريركا هى رغبته فى بناء كاتدرائية جديدة فى أرض الأنبا رويس بالعباسية؛ ولم يكن لديه الاعتمادات المالية الكافية؛
ويروى الاستاذ محمد حسنين هيكل أنه تلقى دعوة شخصية من البابا كيرلس للقائه؛ فتوجه إليه وبصحبته الانبا صموئيل وكان يشغل منصب أسقف الخدمات العامة والاجتماعية،
وفى هذا اللقاء فاتح البابا هيكل فى الموضوع وأبدى له حرجه من مفاتحة الرئيس فى الأمر مباشرة حتى لا تكون فيه إثارة أية حساسيات،
وعندما فاتح هيكل الرئيس فى الأمر أبدى تفهما كاملا؛ فكان يرى أهمية وحقوق الأقباط فى النسيج المصرى الواحد؛
ثم إنه كان على وعى كامل بالمركز الممتاز للكنيسة القبطية ودورها الأساسى فى تاريخ مصر. وهكذا قرر أن تساهم الدولة بنصف مليون جنيه فى بناء الكاتدرائية الجديدة؛ نصفها يدفع نقدا ونصفها الآخر يدفع عينا بواسطة شركات المقاولات التابعة للقطاع العام والتى يمكن أن يعهد إليها بعملية البناء
. وبالفعل تم وضع الحجر الأساسى ببناء الكاتدرائية فى 24 يوليو 1965 بحضور الرئيس عبدالناصر والبابا كيرلس السادس. حيث ألقى الرئيس عبدالناصر خطابا قال فيه:
«أيها الأخوة؛ يسرنى أن أشترك معكم اليوم فى إرساء حجر الأساس للكاتدرائية الجديدة. فحينما تقابلت أخيرا مع البابا فى منزلى؛ فاتحته فى بناء الكاتدرائية؛ وأن الحكومة مستعدة للمساهمة فى هذا الموضوع، ولم يكن القصد من هذا فعلا المساهمة المادية، فالمساهمة المادية أمرها سهل ويسير؛ ولكننى كنت أقصد الناحية المعنوية. إن هذه الثورة قامت أصلا على المحبة؛ ولم تقم أبدا بأى حال من الأحوال على الكراهية والتعصب،
هذه الثورة قامت وهى تدعو للمساواة؛ ولتكافؤ الفرص ؛والمحبة والمساوة؛ لأنه بالمحبة والمساواة؛ وتكافؤ الفرص تستطيع أن تبنى المجتمع الصحيح السليم الذى نريده والذى نادت به الأديان».