المعلم غالى وابنه باسيليوس بك وجمع من أتباعهما في مصر وأخميم إلى الكاثوليكية بالظاهر وهم يأملون أنهم بعد حين يعودون إلى حضن الكنيسة ألام، ومع ذلك مازالوا يعتبرون كهنة أرثوذكسيين حق الاعتبار ويعمدون أولادهم عندهم.
غير أن تظاهُر المعلم غالى لم يأت بنتيجة، فنبذ هو وأهله من الأرثوذكسيين ولم يتبعه أحد منهم، أرسل المعلم غالى قبطيًا من قبله إلى بابا روما لِيُعَيِّنَهُ بطريركًا على مصر، ويكون هو وأتباعه خاضعين له كل ذلك إرضاء للفرنسيين، وأن يستقر بالهم ليحفظوا له مكانه في الحكومة ويخلصوه من المفارق، إلا أن محمد على أدرك خطورة هذا الأمر فيما بعد وقُتِل المعلم غالى في زمنه في أوائل مايو 1822. وأول بطريرك كاثوليكي أقيم للأقباط هو كيرلس مقار 1899، وعندما رسم بدأ ينشر المنشورات متطاولا فيها على المقام البطريركي داعيًا أبناء الكنيسة القبطية إلى الانضمام لروما، ثم طاف في الوجه القبلي ينشر أفكاره، ويزعج الخواطر بتعاليمه فنهض البابا كيرلس الخامس إلى مقاومته، وحرر منشورا يحذر فيه الأقباط من الانقياد لهؤلاء القوم مذكرا إياهم بجهاد آبائهم من أجل الأمانة الأرثوذكسية، وظل الصراع إلى اليوم..