يتم الإخراج في الأسماك من خلال الكلى والذي يعد هو الجهاز الإخراجي حيث يعمل على نقل الدم من الفضلات السائلة ، كما تتحكم في تركيز الماء والملح في أجسام الأسماك ، ويوجد نوعان من الكلى هما كلية الرأس التي تمر فيها الفضلات عبر الخياشيم والكلى الخلفية حيث تمر الفضلات عبر المسالك البولية.
ويتم التخلص من الفضلات من تذويبها وإزالتها عن طريق عملية الانتشار عبر سطح الجسم من خلال الخياشيم وفي المياه المحيطة.