على الرغم من فوائد الرامبوتان إلا أنها قد تُسبب أضرار للبعض، وخاصةً إن تم تناولها بكثرة، وتمثلت أبرز أضرار الرامبوتان في ما يأتي:
التسبب برد فعل تحسسي: قد تُسبب فاكهة الرامبوتان الحساسية، وخاصةً لأولئك الذين يُعانون من حساسية حبوب اللقاح، وغالبًا يظهر التحسس على شكل طفح جلدي أو حكة أو احمرار. التعرض للتسمم: هذا الضرر لا يحدث من ثمرة الرامبوتان بل يحدث من قشرتها، لذا يجب عدم تناولها قطعًا من قبل الأشخاص، حيث أن استخدامها يقتصر على المجال الطبي الدوائي بنسب محددة كونها تُسكن الآلام.