تم التعرف على حوالي 1350 نوعاً من النباتات المزهرة (حوالي 1150 نوعاً محلياً) في يلوستون، وتكون حوالي أربعة أخماس مساحة المنتزه غابات وتتكون الغالبية العظمى من الأشجار من أشجار الصنوبر من بين الأنواع الصنوبرية العديدة الأخرى الموجودة في الحديقة مثل صنوبر اللحاء الأبيض الموجود في المرتفعات العالية خاصة في أبساروكاس، والتنوب دوجلاس التي تهيمن على الارتفاعات المنخفضة في المناطق الشمالية، وهناك مئات الأنواع من الزهور البرية تزدهر فيها.