كان للبابا كيرلس علاقات وطيدة بإثيوبيا شعب وحاكم وكنيسة ..
في 28 يونيو 1959 قام برسامة بطريرك جاثليق لإثيوبيا وعقدت اتفاقية بين كنيستي مصر وإثيوبيا لتأكيد أواصر المحبة بينهما وفي نوفمبر سنة 1959 أرسي حجر الأساس لدير الشهيد مارمينا العجايبي بصحراء مريوط، وأعاد له جزء من جسده، وبني به كنائس وكاتدرائية تشابه في مجدها الكاتدرائية القديمة في المدينة الأثرية
وفي يناير 1965 رأس مؤتمر الكنائس الأرثوذكسية المشرقية في أديس أبابا عاصمة إثيوبيا، وهو يعتبر أول مجمع مسكوني للكنائس الأرثوذكسية غير الخلقدونية في العصور الحديثة، وناقش المؤتمر أموراً هامة تتعلق بالخدمة والكرازة في العالم المعاصر وعلاقة الكنائس المجتمعة بالكنائس الأخرى.
كان ذلك اخر مجمع أرثوذكسي مسكوني للكنائس الأرثوذكسية ، وأيضا كان اخر بطريرك جاثليق لإثيوبيا هوالذي رسمة البابا كيرلس اخر بطريرك اثيوبي يرسم من قبل الكنيسة المصرية وانفصلت بعدها الكنيسة الأرثوذكسية الاثيوبية .. وبدايات الخلافات بعدها .