بالإضافة إلى الاختلاف في هياكلها العظمية تحتوي الأسماك الغضروفية على خياشيم تفتح على المحيط من خلال الشقوق، بدلا من الغطاء العظمي الموجود في الأسماك العظمية، وقد تحتوي أنواع أسماك القرش المختلفة على أعداد مختلفة من الشقوق الخيشومية، وقد تتنفس الأسماك الغضروفية أيضا عن طريق الفتحات التنفسية بدلا من الخياشيم، وتم العثور على هذه الفتحات على رأس جميع أشعة وجميع الزلاجات وأسماك القرش، وتسمح هذه الفتحات للأسماك بالراحة في قاع المحيط واستخلاص المياه المؤكسجة من خلال الجزء العلوي من رؤوسهم، مما يسمح لهم بالتنفس دون أن يتنفسوا في الرمال، ويتم تغطية جلد السمك الغضروفي بقشور بلاكويدية أو بواقيات جلدية، ومقاييس تشبه السن تختلف عن المقاييس المسطحة (وتسمى الغانويد ، أو الكينويد أو الحلقي) الموجودة على الأسماك العظمية .