ولد نيوتن في 4 يناير 1643 في وولثورب، لينكولنشاير، إنجلترا باستخدام التقويم اليولياني "القديم"، يتم عرض تاريخ ميلاد نيوتن أحيانًا في 25 ديسمبر 1642، وكان نيوتن الابن الوحيد لمزارع محلي مزدهر، يُدعى أيضًا إسحاق، وتوفي قبل ثلاثة أشهر من ولادته.
وعندما كان في الثالثة من عمره، تزوجت والدته، هانا أسكوف نيوتن، من وزير ميسور الحال، برناباس سميث، وذهبت للعيش معه، تاركة نيوتن مع جدته لأمه، وتركت التجربة بصمة لا تمحى على نيوتن، وفي سن الثانية عشرة، تم لم شمل نيوتن مع والدته بعد وفاة زوجها الثاني وأحضرت معها أطفالها الثلاثة الصغار من زواجها الثاني.