يرجع علماء الدين الإسلامي ظهور ونشأة عيون موسى إلى عهد نبي الله موسى عليه السلام وهو ما ورد بالقرآن الكريم في قوله تعالى “وَإِذِ اسْتَسْقَى مُوسَى لِقَوْمِهِ فَقُلْنَا اضْرِب بِّعَصَاكَ الْحَجَرَ فَانفَجَرَتْ مِنْهُ اثْنَتَا عَشْرَةَ عَيْناً قَدْ عَلِمَ كُلُّ أُنَاسٍ مَّشْرَبَهُمْ كُلُواْ وَاشْرَبُواْ مِن رِّزْقِ اللَّهِ وَلاَ تَعْثَوْاْ فِي الأَرْضِ مُفْسِدِينَ” (البقرة:60)، مما جعلها ذات مكانة دينية رفيعة إذ أنها تمثل واحدة من أعظم المعجزات الدينية حيث إنها قد انفجرت عقب حديث كليم الله موسى مع خالقه جل وعلا.
تم الانفجار بواسطة عصا موسى التي كان يستعين بها في رعي الغنم والاتكاء عليها أثناء السير، وكان في انفجارها امتثالاً لأمر الله العلي الحكيم حتى يرتوي منها أتباع موسى الذين رفضوا اتباع فرعون مدعي الربوبية والدخول في دين موسى ففروا من ظلم فرعون وأعوانه إلى مصر من الديار المقدسة، ففجر لهم الله تعالى تلك العيون لكي يشربوا وتنبت لهم الحشائش والزروع والكثير من أشجار النخيل.