بالإضافة إلى الإختلاف في الهياكل العظمية لدى الأسماك الغضروفية، تمتلك الأسماك الغضروفية خياشيم تنفتح على المحيط من خلال الشقوق، بدلا من الغطاء العظمي الموجود في الأسماك العظمية، وقد تحتوي أنواع أسماك القرش المختلفة على أعداد مختلفة من الشقوق الخيشومية.
قد تتنفس الأسماك الغضروفية أيضا من خلال الفتحات التنفسية بدلا من الخياشيم، وقد تم العثور على شقوق أو فتحات تنفسية أعلى رؤوس جميع أنواع أسماك الرأي أو أسماك الورنكية، وبعض أسماك القرش، وتسمح هذه الفتحات للأسماك بالإستراحة في قاع المحيط وسحب الماء المؤكسج من خلال الجزء العلوي من رأسها، مما يسمح لها بالتنفس دون تنفس الرمال، ويغطى جلد الاسماك الغضروفية قشور بلاكويد أو قشور جلدية وهي قشور تشبه الأسنان تختلف عن الحراشف المسطحة الموجودة في الأسماك العظمية.