الجهاز الهضمي عند البرمائيات يحتوي على الفم والمريء والمعدة والأمعاء، ويبدأ الضفدع في خلط الغذاء بالفم ويهضم جزء منه بالمعدة وباقي الهضم يتم بالأمعاء الدقيقة، وكل من الأمعاء الدقيقة والمعدة يحتوي على العصارة الهضمية التي تعمل على تفتيت الغذاء إلى مواد صغيرة يكون من السهل امتصاصها واستفادة الجسم منها.
كما يوجد البنكرياس والكبد ويعدا من الغدد الكبيرة التي تصب العصارة الهضمية بالأمعاء الدقيقة، والغذاء المهضوم يتم امتصاصه من خلال جدار الأمعاء الدقيقة والفضلات تتحرك إلى الأمعاء الغليظة ومن بعدها تنتقل إلى المذرق الذي يفتح خارج الجسم، ومنه تخرج الفضلات والبيض والخلايا الجنسية الذكرية إلى خارج جسم الضفدع.