في مطلع عام 1918 بدأ القديس خوسيماريا يشعر بأن الله يريد منه شيئا دون ان يعرف بالضبط ما عسى أن يكون هذا الشيء ، فقرر أن يصبح كاهنا ليكون متفرغا لما يريده الله منه. وهكذا شرع بدروسه الكنسية في اكليريكية لوغرينيو أولا ثم في اكليريكية سرقسطة. وباقتراح من والده وبعد الحصول على أذن من السلطة الكنسية بدأ بدراسة الحقوق المدني. سيم كاهنا في عام 1925 ليبدأ خدمته الكهنوتية.
في عام 1927 انتقل الأب خوسيماريا إلى مدريد للحصول على شهادة الحقوق، وكان في صحبته كل من أمه وأخته وأخيه، كونه أصبح رب العائلة بعد أن وفاة والده في عام 1924. وبسبب ضيق العيش اضطر إلى إعطاء دروس خصوصية لطلبة الحقوق ليتمكن من إعالة عائلته، فيما استمر في ممارسة عمله الرعوي المكثف وخصوصا بين فقراء مدريد ومرضاها زد على ذلك الأطفال.