ليس لمغلي الشمر أي تفاعلات دوائية خطيرة معروفة، لكنه قد يثبط تأثيرات حبوب منع الحمل بسبب خصائصه الشبيهة بالإستروجين.
كما ثبت أن الشمر يثبط عملية التمثيل الغذائي لبعض الأدوية، مثل: الأسيتامينوفين، والسيبروفلوكساسين (Ciprofloxacin)، وفلوروكينولون (Fluoroquinolone)، لذا يُفضل تجنبه أثناء تناول هذه الأدوية.
وأما بالنسبة إلى الأفراد الذين يستخدمون بعض أنواع مميعات الدم، أو الذين يعانون من من اضطراب النزيف فيجب عليهم توخي الحذر من استخدام وشرب الشمر المغلي.