بين أيدينا سيرة بابا للإسكندرية عاش في جو سياسي متوتر للغاية. عرف كيف يقود الموكب بروحٍ وطنيٍ دون أن يتجاهل جوانب الحياة الروحية والكنسية. في دير البراموس وُلد يوحنا بقرية تزمنت التابعة لبني سويف سنة 1824م، وترهب سنة 1844م بدير البراموس باسم الراهب يوحنا البراموسي، وعُرِف باسم يوحنا الناسخ. كانت ظروف دير البراموس المادية صعبة للغاية، ولم يكن بالدير سوي أربعة رهبان. لكن حياة يوحنا الروحية ونسكه واهتمامه بالقراءة والنساخة جذب كثيرين للحياة الرهبانية. بعد عامين من رهبنته طلب الرهبان سيامته كاهنًا، فسامه البابا ديمتريوس قسًا، وإذ شعر بجدّيته وروحانيته طلب منه البقاء معه في البطريركية لمعاونته. كتب الرهبان للبابا يرجونه إعادته للدير فلبى طلبهم. في عام 1855م استدعاه البابا وسامه قمصًا وأقامه مساعدًا له في الكنيسة الكاتدرائية بالأزبكية، لكن الرهبان ترجو البابا أن يعيده إليهم لشدة حاجتهم إليه فسمع لهم. سيامته بابا الإسكندرية بعد نياحة البابا ديمتريوس بقي الكرسي شاغرًا أربع سنوات وتسعة أشهر مع أن الأنظار كانت متجهة نحو الأب يوحنا البراموسي. كان المجلس الملّي يقوم بتدبير الأمور المالية، وقد طلب من الحكومة أن يُسام البابا؛ وقد سيم القمص يوحنا بطريركًا في أول نوفمبر سنة 1874م باسم البابا كيرلس الخامس. حضر الاحتفال بسيامته أنجال الخديوي إسماعيل، وهم توفيق باشا وحسين باشا كامل وحسن باشا ومعهم الوزراء. الظروف السياسية كانت مصر في ذلك الحين تعيش في صراع سياسي رهيب. فقد نُفي الخديوي إسماعيل، وتولى ابنه توفيق الحكم، إذ تدخّلت إنجلترا وفرنسا في شئون مصر بدعوى حق الإشراف علي ميزانية مصر. وعيّنت كل منهما مندوبًا مسئولاً عن "صندوق الدين". كان إسماعيل باشا قد أنشأ مجلس شوري للنواب وذلك قبل اضطراره إلى التنازل عن الحكم. حمل هذا المجلس روحًا وطنيًا وشعر الكل بمسئوليتهم كمصريين وطنيين. كان البابا كيرلس الخامس مساعدًا لهؤلاء الوطنيين في مواجهة الخديوي وضد الإنجليز. أعماله الرعوية أشهر أعماله أنه أنشأ مدرسة الإكليريكية. ثم اشترى أرض مهمشة بنى عليها كلية إكليريكية سنة 1912م. كما أكمل بناء الكاتدرائية المرقسية بالأزبكية. وبنى مطرانيات في كل من كنيسة المعلقة والعدوية ببولاق والمعادي وطره والمعصرة بحلوان وطموه. وفي أيامه شيّد 13 كنيسة بالقاهرة والجيزة والخرطوم، كما أنشأ مدارس للرهبان. وفي عصر إسماعيل باشا تم تكوين المجلس الملّي في 2 فبراير سنة 1874. ثورة 1919م في عهده شبَّت نار الحرب العالمية الأولى سنة 1914م. وفي آخرها أُعلِنت الحماية الإنجليزية على مصر، وعُقِدت الهدنة في سنة 1918م، وطالب المصريون باستقلال بلادهم، وكانت الثورة المصرية في سنة 1919م باتحاد المسلمين والأقباط وبعد جهاد دام سنوات تنازلت إنجلترا عن حمايتها في 28 فبراير سنة 1922م. وأعلن السلطان فؤاد استقلال مصر في 15 مارس سنة 1922م، وأعلن نفسه ملكًا ووضع دستور البلاد، وأنشأ الحكم البرلماني بزعامة سعد زغلول باشا، وكان البابا كيرلس مؤيدًا لهذه الحركة. في عهده ارتفع شأن الأقباط، فتنعموا بالحرية الدينية والمساواة في الوظائف الحكومية وفي التجارة وفي امتلاك الأطيان. فظهرت طبقة من كبار الأقباط من سياسيين وأثرياء. كما انتشر التعليم الديني، فصار صدى الوعظ يُسمع في أغلب كنائس القطر. تعليم الدين المسيحي في 25 يونية 1903م الموافق 8 بؤونة سنة 1619ش اجتمع المجمع المقدس، وأخذ قرارات خاصة بتعليم الدين المسيحي: حتمية تدريس الدين المسيحي وتاريخ الأقباط في كل مصر، وذهاب المدرسين مع الطلبة للصلاة في أيام الأعياد الكبرى وأيام الآحاد (مادة 1). مراجعة مناهج التعليم لكي تكون أرثوذكسية (مادة 2). مناشدة رجال الدين والأراخنة علي المساهمة في هذا المشروع (مادة 4). إقامة مندوبين من الكنيسة لمتابعة هذا الأمر وتنفيده (مادة 5). ينتدب البابا من يراه لائقًا لتنفيذ القرارات (مادة 6). رائد حركة النهضة التعليمية اهتم بتأسيس مدارس قبطية ضمت 9979 قبطيًا، منهم 8390 من الذكور، 1589 من الإناث، وأيضًا 2183 مسلمًا، 100 يهوديًا. في عهده تأسست 51 مدرسة في كل القطر من أسوان (سنة 1900م) إلى القاهرة (سنة 1857م). قال أحد الإنجليز: [في زيارتي لمدارس القبط رأيت التلاميذ وسمعتهم يقرأون الكتاب المقدس بالعربية، كما سمعتهم يقرأون الإنجليزية، وامتحنتهم فيها وأعطيتهم إملاء، ثم طلبت إليهم أن يكتبوا لي بالإنجليزية والفرنسية والعربية، واحتفظت بما كتبه خمسة منهم كنماذج. والخمسة تتراوح أعمارهم ما بين 12 و16 سنة. لقد خجلت واندهشت وانشرحت مما رأيت وسمعت.] وشهد إنجليزي آخر: [إن الكنيسة القبطية تنفق ما يزيد بكثير عن خمسة آلاف جنيهًا سنويًا علي تعليم أبنائها في القاهرة، ويدفع البطريرك بعضًا من هذا من جيبه الخاص.] خلافات مع المجلس الملي العام حدثت خلافات في الرأي بين البابا كيرلس والمجلس الملّي، وناصر بطرس باشا غالي فكرة إجراء انتخابات أعضاء المجلس الملّي، لا أن يُعيّنوا من قِبَل البطريرك. وبالرغم من معارضة البابا تمت إجراء الانتخابات بالقوة ولم يعترف البابا بهذه النتيجة، ولكن الخديوي والحكومة أيّدوها وعارضوا البطريرك. وتم تغيير لائحة المجلس بأن يُرفَع البابا من رئاسة المجلس وأن يقوم وكيل المجلس بعمل رئيس المجلس. ولما فشلت مساعي البابا في تنفيذ رأيه قَبِل وساطة بطرس باشا الذي نجح في إعادة حق البطريرك في إدارة ديوان البطريركية وأوقاف الأديرة، ولكن لما رفض أعضاء المجلس هذا الحل عاد الموقف للتأزم وتم تعيين أسقف صنبو رئيسًا للمجلس الملّي. وفي هذا الوقت طلب لفيف من الكهنة والشعب إبعاد البطريرك إلى دير البراموس، وإبعاد مطران الإسكندرية إلى دير الأنبا بولا، وتم ذلك في سنة 1892م وظلا خمسة أشهر. ويذكر التاريخ أن أسقف صنبو بعد ذلك حين دخل ومعه الإيغومانوس إلى الكنيسة لصلاة القداس الإلهي شاءت الإرادة الإلهية أن يُخطئ الأسقف ويقرأ إنجيل خيانة يهوذا الإسخريوطي كما وقعت الصينية من يده، فتشاءم الناس واعتقدوا أن الله غير راضٍ عن المجلس وأعماله، وتعطّلت الشعائر الدينية والتهب الشعور المطالِب بعودة البابا. رضخت الحكومة لمطالب الشعب وعاد البطريرك إلى مقر كرسيه معززًا مكرمًا، وبعد عودته بعشرة أيام جاء بطرس باشا لزيارته وبصحبته جميع المحرومين فاعترفوا بالخطأ، وطلبوا الصفح فسامحهم البابا، كما صفح عن أسقف صنبو. وتم الاتفاق على إرجاع الإدارة إلى غبطة البطريرك على أن ينتدب أربعة من أعضاء المجلس لمساعدته في إدارة شئون الشعب. في سنة 1911م عُقِد المؤتمر القبطي في أسيوط ليطلب من الحكومة مساواة الأقباط بالمسلمين في كافة الحقوق المدنية والدينية. وفي عهده تمت رسامة مطران للخرطوم، وبنيت بها كنيسة كبرى وسبع كنائس أخرى، كما اهتم بأديرة الراهبات من الناحية الرهبانية والعمرانية. موقفه من الإرساليات إذ انتشرت الإرساليات الأمريكية خاصة في القاهرة والإسكندرية وأسيوط. وقد بدأ وصول المبشرين الأمريكيين في عام 1854م وقاموا بإنشاء مدارس وإقامة كنائس بروتستانتية تقتنص الأقباط من كنيستهم اهتم البابا بالتعليم الكنسي بجوار التعليم العام. وسافر إلى أسيوط ونشر الوعي بين الكهنة لجذب أولادهم إلى المدارس القبطية الأرثوذكسية، والدفاع عن الإيمان المستقيم. رحلتان إلى السودان في مارس 1904م سافر قداسته إلى السودان، واستقبله رجال الدولة ومشايخ المسلمين مع الأقباط بمظاهر الإكرام، حيث وضع حجر الأساس للكنيسة القبطية في الخرطوم في حضور الحاكم العام للسودان ورئيس الجيش المصري ومطران البحيرة والمنوفية (أنبا يؤانس) ومطران إسنا الأقصر (أنبا مرقس) وأسقف دير العذراء بالمحرق ومنفلوط (أنبا باخوميوس). وفي يناير سنة 1909م قام بزيارة صعيد مصر، ثم السودان حيث قام بتدشين الكنيسة في الخرطوم، ووضع الحجر الأساسي لمدرسة قبطية كبري بالخرطوم. وقد عاصر البابا كيرلس الخامس كل من إسماعيل باشا وتوفيق باشا وعباس باشا الثاني والسلطان حسين والملك فؤاد، وذلك لأنه قضى مدة طويلة تعتبر أطول مدة قضاها بطريرك في الكرازة المرقسية وهي حوالي 53 عامًا، وتنيح سنة 1927م. وطنية الكنيسة القبطية وتاريخها، صفحة 384.
