لما اضطهد مروان بن محمد آخر الخلفاء الأمويين البابا خائيل، لازمه الأنبا مويسيس واشتهى أن يستشهد ويسفك دمه على اسم المسيح، وما أن وصلا إلى خيمة مروان طرح الجند الأنبا مويسيس على ركبتيه ورفعوا رجليه إلى أعلى وضربوه بدبابيس نحاس على جنبيه ورقبته، وكان المُعذِبون يطبون منه رشوة ليطلقوه أما هو فلم ينطق ببنت شفة لأنه كان لا يفهم لغة الجند العربية. وأمر مروان بقطع رقبة البابا خائيل بالسيف وساقه السياف إلى موضع تنفيذ حكم القتل، فجرى خلفه الأنبا مويسيس. حاول السياف منعه لكنه لم يمتنع، حتى غضب منه أحد الجند ورفع عليه دبوس نحاس ليضربه به، فمد القديس رأسه لكن بعض الموظفين منعوا الجلاد من ضربه، ثم زُجّ به في السجن مع البابا ووضعت القيود في أرجلهما مع كثيرين، لكن الأنبا مويسيس تنبأ بأنهم سيخرجون من السجن سالمين، وبالفعل تم قوله بهزيمة مروان أمام العباسيين.