تختلف حميات السناجب الطائرة على حسب أنواعها ، فعلى سبيل المثال تتغذى سناجب فيرجينيا على الفطريات التي تنمو في الأرض ، وتأكل أيضًا الفواكه ، والحشرات ، والبراعم ، والبذور . [3]
وفي الجنوب قد يتغذى السنجاب الطائر على كل من الجوز ، والحشرات ، والتوت ، وبعض البذور ، وحتى أنه قد يتغذى على اللحوم إن كانت متوفرة ، ويقوم السنجاب بتخزين طعامه في العش لوقت لاحق في فصل الشتاء