بالإضافة إلى الوقاية من الأمراض، فمن فوائد القهوة أيضاً أن الكافيين يرتبط ارتباطاً مباشراً بالمخّ. فهو يرتبط بالإجراءات الإيجابية على الدماغ، بما في ذلك اليقظة الذهنية، والمساعدة في التركيز، وتحسين الحالة المزاجية.
فقد وجدت دراسة أجرتها كلية الصحة العامة بجامعة هارفارد عام 2013، أنّ أولئك الذين يشربون كوبين أو ثلاثة أكواب من القهوة التي تحتوي على الكافيين يومياً، يقللون من خطر الانتحار بنسبة 45%، مقارنة بأولئك الذين يشربون القهوة منزوعة الكافيين، أو لا يشربون القهوة على الإطلاق. ربما لأن تأثير الكافيين المنبّه يساعد على تعزيز الحالة المزاجية للأشخاص.