توجد الخفافيش في جميع أنحاء العالم باستثناء المناطق التي تكون فيها درجات الحرارة منخفضة للغاية، مثل القطب الشمالي والقطب الجنوبي، وعدد قليل من الجزر النائية، ولكن الخفافيش عادة ما تعيش في المناطق الباردة لأنهم ليس لديهم قوة لتحمل درجات الحرارة العالية، والبلد الذي لديها معظم أنواع الخفافيش هي الولايات المتحدة، والخفافيش البنية صغيرة الحجم تعيش في كندا وألاسكا، كما توجد في جنوب المكسيك وجورجيا، وقد لوحظ ان الخفافيش ذات الحجم الكبير توجد في الولايات المتحدة والمكسيك وأجزاء من جنوب كندا .
الخفافيش لديها اعشاش محددة تعيش بها مثل البشر وتوجد في اماكن مختلفة مثل الاشجار والكهوف والمنازل وغيرها من الاماكن الخفية الرطبة، والخفافيش من الحيوانات الاجتماعية لانها تعيش معا في شكل مستعمرات، ويمكن فصل المستعمرات على أساس نوع الجنس حيث تعيش اناث الخفافيش في مستعمرات منفصلة ويعيش الذكور في مجموعات منفصلة، واناث الخفافيش تعيش معا في أماكن خفية لولادة الصغار، وبعض الخفافيش لا تعيش في مستعمرات وعادة ما توجد هذه الأنواع من الخفافيش في الولايات المتحدة الأمريكية الشرقية وبالقرب من البحيرات العظمى، وهذه الخفافيش تعرف باسم خفافيش المساء، والخفافيش الأخرى هي الخفافيش فضية الشعر التي تعيش في الولايات المتحدة باستثناء فلوريدا