وينسب للبابا كيرلس ـ عمود الدين ـ إخماد ثورة اليهود على المسيحيين حين رأوا انتشار المسيحية السريع فى الإسكندرية فقاموا بأعمال قتل وعنف ضدهم، وهو الأمر الذى قابله المسيحيون بعنف مضاد حاول البابا منعها، ولما لم يستطع استأذن الإمبراطور وطرد اليهود من المدينة وقضى تماما على الجالية اليهودية بالإسكندرية، كما يتهم البابا كيرلس بالتسبب فى قتل عالمة الإسكندرية هيباتيا على أيدى المسيحيين الغاضبين وهو ما تنفيه الكنيسة رسميًا.