عُرِفَ منذ القدم باسم دير السيدة العذراء واشتهر بدير المحرق وأيضًا بدير جبل قسقام وترجع شهرته بدير المحرق إلى أن الدير كان متاخمًا لمنطقة تجميع الحشائش والنباتات الضارة وحرقها، ولذلك دعيت بالمنطقة المحروقة أو المحترقة.
ومع مرور الوقت استقر لقب الدير بالمحرق. كما أنه أشتهر بدير جبل قسقام، وقسقام أسم قديم منذ عصر الفراعنة وهو يتكون من مقطعين قُس وقام وقس هي اسم مدينة اندثرت حاليا كانت عاصمة الولاية الرابعة عشرة من الولايات الـ 22 التي كان مقسما بها صعيد مصر ولم يبقى منها حاليا إلا البربا -المعبد- ومعناها الديني المكان العلوي، ومعناها المدني تكفين أو تحنيط جثة الميت ولفها بالكتان لتحضيرها للدفن.
وقام. اسم كانت تختص به المنطقة التي تقع غرب الولاية الرابعة عشر ومعناها الديني اللانهاية ـ إلى الأبد، ومعناها المدني كما يقول المؤرخ أبو المكارم مكفن بالحلفاء للصعاليك -فقراء- ولقرب قام من قُسْ اشتهرت المنطقة والجبل المجاور بقسقام وبالتالي اشتهر الدير بدير جبل قسقام.