تحتوي قشور الليمون الأسود على مواد كيميائية طبيعية تسمى الفلافونويدات، والتي تعتبر من مضادات الأكسدة ومضادات للالتهابات، تلك المواد يمكن أن تساعد في حماية الخلايا القولونية من التلف وتقليل خطر الإصابة بأمراض القولون مثل سرطان القولون.
بالإضافة إلى ذلك فوائد الليمون الأسود للمعدة حيث إنه يساعد على التقليل من الانتفاخ والغازات حيث إنه يحتوي على بعض المركبات الطبيعية ومنها الليمونين والمرمينول والتي تعمل على تهدئة الجهاز الهضمي.
الجدير بالذكر أن الليمون الأسود يحتوي على البكتيريا النافعة التي تساعد على الحفاظ على صحة القولون من خلال الحفاظ على توازن البكتيريا المعوية.