ولم يكد يتم السلطان برقوق استعداده لمُلاقاة خصمه تيمور لنك حتى أدركته الوفاة بداء الصرع في يوم الجمعة 15 شوال سنة 801 هـ. (20 يونيه سنة 1399 م.)، فأسف عليه الناس أسفًا شديدًا لعدالة حُكمه ويقظته ورفقته برعيته. (وحزن على موته القديس متاؤس الأول البطريرك لأنه كان صديقًا حميمًا له، وكان يقضي له حوايجه، ويرفق بشعبه، ويقيم العدل بين جميع الناس دون النظر إلى الفارِق الديني).
وتولى بعده ابنه السلطان فرج، ولُقِّبَ بالملك الناصِر، وكانت أنه يونانية الجنس (لين بولس ص 333).