- رغم من الفوائد المثالية للبنجر الأحمر، إلا أنه قد يتسبب في الضرر لبعض الأشخاص، حيث أنه يجب على الأشخاص المصابون بحصوات الكلى الإبتعاد عن تناول البنجر.
- قد يتسبب الإفراط في تناول البنجر الأحمر في الإصابة بالبيتوريا وهي ظهور البول باللون الوردي.
- نادرًا ما يتسبب في بعض ردود الفعل التحسسية مثل الطفح الجلدي والحكة.
- على الأشخاص اللذين يعانون من إنخفاض ضغط الدم الإبتعاد عن تناول البنجر، حيث أنه من الممكن أن يتسبب في الإنخفاض المفاجئ في ضغط الدم والذي يحتاج رعاية صحية.