بدأ الكرسي المرقسي من الإسكندرية أولا ؛ومنذ القرن الحادي عشر وفي عهد البابا خريستوذولوس البطريرك 66 (1047- 1077 ) تم نقل الكرسي المرقسي إلي كنيسة المعلقة . ومن المعلقة نقل إلي كنيسة أبو سيفين بمصر القديمة . ومن القرن الرابع عشر وحتي القرن السادس عشر نقل إلي كنيسة العذراء حارة زويلة . ثم نقل بعدها إلي كنيسة العذراء حارة الروم . ومنذ عام 1799 وحتي عام 1971 نقل إلي الكنيسةالمرقسية بكلوت بك ومدفون بها الآباء البطاركة (البابا مرقس الثامن – البابا بطرس السابع "الجاولي" – البابا كيرلس الرابع "أبو الإصلاح " – البابا ديمتريوس الثاني – البابا كيرلس الخامس – البابا يوأنس التاسع عشر – البابا مكاريوس الثالث – البابا يوساب الثاني ) . وفي عهد قداسة البابا المعظم الأنبا شنودة الثالث - نيح الله نفسه في فردوس النعيم - نقل الكرسي المرقسي إلي أرض الأنبا رويس بالعباسية ومازال بها حتي الآن .